Charles Darwin (1809-1882) doit être considéré comme le véritable fondateur de la théorie moderne de l'évolution. Le paradigme darwiniste, fondé sur la sélection naturelle, a fini par s'imposer dans le monde scientifique et jusque dans l'opinion publique.

Charles Darwin fut certainement très influencé par son grand-père, Erasmus Darwin, qui publia au début du 19ème siècle un ouvrage sur le monde du vivant et son évolution¹. Après des études laborieuses, l'étudiant Charles Darwin devint un collectionneur passionné des coléoptères et développa ainsi son esprit d'observation². A la fin de l'année 1831, il s'embarqua à bord du Beagle pour un voyage autour du monde. La visite de l'archipel des Galapagos fut pour lui l'occasion d'assister en grandeur nature au processus de l'évolution³ : "Cet archipel avec ses innombrables cratères et ses ruisseaux de lave dénudée, paraît être d'origine récente ; et je me figurais presque d'assister à l'acte même de la création".

C'est au cours de ce fameux périple, que l'observation attentive de la faune et la flore des îles Galapagos l'amenèrent progressivement vers l'évolutionnisme. Le principe de la sélection naturelle fut préfigurée par son étude du mécanisme de sélection artificielle, pratiquée par les créateurs de nouvelles races d'animaux domestiques ou de plantes cultivées. Dans son ouvrage, il donna pour exemple la multitude de races de pigeons domestiques obtenues par la sélection artificielle des variations héréditaires à partir d'une souche unique. La sélection artificielle devint ensuite naturelle avec l'inspiration née de la lecture du livre de Thomas Robert Malthus (1766-1834) : "Essai sur la population" paru en 1798. En effet, ce célèbre économiste évoquait, à propos de la surpopulation dans le monde du vivant, plusieurs causes qui, d'après lui, limitaient la prolifération des plantes et des animaux : "le défaut de place et de nourriture" ou encore le fait que "les animaux sont réciproquement la proie des uns des autres". Ces remarques ne pouvaient que confirmer les intuitions de Darwin.

En 1858, Alfred Russel Wallace (1823-1913) fit parvenir un mémoire à Darwin où il défendait les mêmes idées. Cet événement força Darwin a accélérer la publication de ses travaux. Malgré tout, il fut pris de court par une communication de Wallace. Mais, grâce à de nombreux savants qui connaissaient l'antériorité de ses travaux, il eut droit à la reconnaissance de la primauté de sa découverte le 1er juillet 1958, lors d'un "procès" qui fit date dans l'histoire des sciences.

"L'origine des espèces" sortit enfin en librairie le 24 octobre 1859. Après la lecture de cet ouvrage historique, Wallace lui-même reconnut "la perfection de ce livre, sa vaste accumulation de preuves, son argumentation puissante, et son accent admirable et son esprit. Je suis heureux que la tâche ne me soit pas incombée de donner au monde cette théorie. M. Darwin a créé une nouvelle science et une nouvelle philosophie, et je ne crois pas que jamais on ait vu pareil exemple d'une nouvelle branche de la connaissance humaine qui fût ainsi redevable aux travaux et aux recherches d'un seul".

L'idée centrale de la théorie darwinienne est la sélection naturelle. Elle est "la conséquence nécessaire et inévitable" de la raison géométrique" qui dirige l'accroissement des êtres vivants et qui "constitue l'application aux règnes animal et végétal de la doctrine de Malthus". Pour Darwin, la sélection naturelle est le résultat de la "lutte pour l'existence", mais il emploie ces termes au sens large, en incluant l'ensemble des rapports écologiques qui participent à l'équilibre naturel. De tels processus, enchevêtrés entre les différentes espèces biologiques, aboutissent à une sélection qui explique la diversité des formes naturelles. La base biologique de la sélection naturelle est donc constituée par le combat intra- et inter-espèces⁴ : "si lente que puisse être la marche de la sélection, puisque l'homme ne peut, avec ses faibles moyens, faire beaucoup par sélection artificielle, je ne vois aucune limite à l'étendue des changements, à la beauté et à l'infinie complication des coadaptations entre tous les êtres organisés, tant les uns avec les autres, qu'avec les conditions physiques dans lesquelles ils se trouvent, qui peuvent, dans le cours des temps, être effectuées par la sélection naturelle, ou la survivance des plus aptes".